1990
Ingenios Santos, S.A. de C.V. es una empresa establecida en 1990 por Don Alberto Santos de Hoyos para recibir las cuatro empresas azucareras adquiridas en ese año del Gobierno Federal.
La familia Santos es heredera de una larga tradición en la industria alimentaria mexicana, remontándose a las primeras décadas del siglo XX. El propio Don Alberto Santos de Hoyos fue, por muchos años, Director General y presidente del Consejo de Administración de Gamesa, empresa mexicana líder en la fabricación de galletas, pastas alimenticias, harinas y aceites comestibles.
Al momento de su fundación, Ingenios Santos adquirió del Gobierno Federal mexicano cuatro ingenios azucareros: Ingenio Alianza Popular en San Luis Potosí, Ingenio Bellavista en Jalisco y los ingenios Pedernales y Puruarán en el Estado de Michoacán.
1992
Con el propósito de consolidar en una sola unidad la operación de los ingenios del Estado de Michoacán, distantes diez kilómetros entre ellos, se decidió en el año 1992 descontinuar la operación del Ingenio Puruarán y procesar la totalidad de la caña de ambas áreas de producción en la fábrica del Ingenio Pedernales.
1997
Un paso importante en el año 1997 fue la adquisición adicional de tres ingenios propiedad de la empresa Impulsora de Marcas Mexicanas: Ingenio Plan de Ayala en San Luis Potosí y los ingenios CIASA y San Gabriel en el Estado de Veracruz.
Con la incorporación de estas unidades industriales, Ingenios Santos se constituyó en el cuarto grupo más grande del país y participa en la actualidad aproximadamente con un 8% de la producción nacional de azúcar.
2001
Una etapa difícil de la empresa se vivió en el año 2001 con la expropiación de todos los ingenios por parte del Gobierno Federal. Este hecho desencadenó una batalla legal para recuperar los ingenios y después de cinco años se obtuvo un fallo favorable en tribunales fundamentado en la inconstitucionalidad de la expropiación. Ese año de 2006 se recuperó la posesión de las unidades industriales mas no la posesión jurídica. Fueron necesarios otros ocho años de interminables negociaciones con el Gobierno Federal para que Ingenios Santos recuperara, finalmente en al año 2014, la posesión física y legal de los seis ingenios expropiados.
2013
Después de la repentina muerte del fundador de la compañía en el año 2013, su hijo el Lic. Alberto Santos Boesch tomó en sus manos la parte final de las negociaciones con el Gobierno Federal para llevarlas a buen término. Actualmente el Lic. Santos Boesch es presidente del Consejo de Administración y Director General de la compañía.